Po tem, ko so geologijo slovenskega ozemlja že preučevali geologi avstrijskega geološkega zavoda, je vlada LR Slovenije 7. maja 1946 (Ur. l. LRS št. 34/46) s sklepom ustanovila Geološki zavod za Slovenijo v okviru Ministrstva za industrijo in rudarstvo. Le-ta je po decentralizaciji gospodarstva leta 1950 prešel pod upravo Sveta za energetiko in ekstraktivno industrijo LR Slovenije in bil 8. julija istega leta z odredbo vlade preimenovan v Upravo LR Slovenije za geološke raziskave.
V začetnem obdobju je bilo v Sloveniji le pet geologov, zaposlenih na visokih šolah, tako da so geološke naloge opravljali predvsem visokošolski profesorji in študentje. Leta 1952 so z univerze prišli prvi diplomirani geologi in zavod je lahko pričel normalno delovati.
Uprava LR Slovenije za geološke raziskave se je 4. julija 1952 združila s Podjetjem za globinsko vrtanje v Geološki zavod LR Slovenije v Ljubljani, ki se je istega leta ustalil v prostorih na Parmovi 33.
Leta 1974 se je Geološki zavod Ljubljana znotraj razdelil na tri enote:
- • Geologija, geotehnika in geofizika
- • Geotehnična in rudarska dela
- • Rudnik urana Žirovski vrh
Leta 1979 pa se omenjene tri enote nadalje razdelile in nastalo je šest TOZD-ov:
- Geologija, geotehnika in geofizika
- Rudarska dela
- Geotehnična dela
- Vrtalno minerska dela
- Strojna proizvodnja in vzdrževanje
- Komercialna dejavnost in skupne službe
Leta 1989 se je Geološki zavod Ljubljana preselil v novo poslovno stavbo na Dimičevi 14.
PPo Zakonu o podjetjih iz leta 1990 se je šest enot Geološkega zavoda Ljubljana preoblikovalo v šest samostojnih podjetij združenih v interesno združenje Geološki zavod Ljubljana:
- Inštitut za geologijo, geotehniko in geofiziko
- Podjetje za rudarska dela
- Podjetje za geotehnična dela
- Podjetje za vrtanje in miniranje
- Strojna proizvodnja in vzdrževanje
- Podjetje za strojno proizvodnjo in vzdrževanje
Inštitut za geologijo, geotehniko in geofiziko je prevzel vlogo nacionalnega geološkega zavoda.
Ob reorganizaciji konec leta 1998 (Ur. l. RS št. 66/98) se je Inštitut za geologijo, geotehniko in geofiziko preoblikoval v javni raziskovalni zavod Geološki zavod Slovenije in gospodarsko družbo Geonženiring, d. o. o..