GeoZS je doma in v tujini prepoznan kot kakovostna raziskovalna in strokovna institucija.

V letu 2016 je GeoZS v delovne procese vpeljal sistem zagotavljanja kakovosti in pridobil certifikat ISO 9001:2015. Z namenom doseganja ciljev kakovosti in sledenja viziji razvoja se je GeoZS zavezal, da bo:

• izpolnjeval pričakovanja in gradil dolgoročno zadovoljstvo naročnikov, zaposlenih, dobaviteljev in ostalih zainteresiranih strani,
• zagotavljal kakovostno izpeljavo projektov s strokovnega, finančnega in časovnega vidika,
• vzdrževal in povečeval trajno kakovost projektov in njihovih rezultatov ter sledljivost njihovih vsebin,
• spodbujal sodelovanje med organizacijskimi enotami in povezovanje strokovnih vsebin z namenom doseganja višje kakovosti projektov,
• spodbujal kreativnost in ustvarjalnost raziskovalcev prek razvojnih projektov,
• vzdrževal in omogočal nadgrajevanje delovnih procesov tako, da bodo ti za zaposlene čim manj obremenjujoči,
• omogočal prijetno delovno okolje,
• vzdrževal in povečeval učinkovitost delovanja GeoZS v skladu z zahtevami zakonodaje in drugih regulatornih okvirjev,
• vzdrževal zavezanost nenehnemu izboljševanju sistema vodenja kakovosti.

Dejavnosti GeoZS so zaradi lažjega prenosa znanj med seboj prepletene, zato jih sistem zagotavljanja kakovosti obravnava enakovredno.

Kakovost, ki temelji na znanstveni odličnosti, je izhodiščna vrednota delovanja GeoZS in predstavlja njegovo konkurenčno prednost na vseh področjih delovanja. Z doslednim izvajanjem politike kakovosti in doseganjem ciljev kakovosti delovanja, ki so definirani v srednjeročnih in letnih načrtih dela, bo GeoZS izpolnjeval svoje poslanstvo kot vodilna slovenska in mednarodno priznana raziskovalna organizacija na področju geoznanosti.